La conservation de la faune sauvage se fait principalement à travers le classement des espèces protégées et des aires protégées. Elle est complétée par des mesures environnementales générales et sectorielles, qui se matérialisent par des obligations spécifiques (réalisation d’études d’impact, interdiction des substances toxiques pour la chasse et la pêche, etc.) ou par la désignation de zones de protection spécifiques de la faune sauvage. C’est notamment le cas des parcs et réserves de pêche (Code de la pêche et de l’aquaculture) ou de certains espaces forestiers comme les forêts classées ou les sites de gestion forestière durable (aussi appelés «Koloala» et identifiés par l’arrêté n°52005/2010). Les sites accueillant des transferts de gestion (TG) aux communautés de base (COBA) peuvent également constituer des espaces de conservation de la biodiversité (loi GELOSE, décret GCF). 

Les aires protégées (AP) constituent le principal cadre pour le développement de l’écotourisme qui est défini par le Code des Aires Protégées (COAP) comme une forme de tourisme responsable et durable basé sur la conservation du patrimoine naturel et socioculturel. Leur création fait l’objet de consultation avec les Régions, les Districts, les Communes, les Fokontany intéressés et est soumise à une étude d’impact écologique et socio-économique. Selon qu’elles soient situées sur le domaine public, privé ou à cheval entre les deux, les AP sont réparties entre AP publiques (Réserves Naturelles Intégrales, Parcs Nationaux et Réserves Spéciales) et AP agréées ou AP mixtes (Monument Naturel Protégé, Paysage Harmonieux Protégé et Réserve des Ressources Naturelles) dans le COAP. Conformément à la loi foncière n°2005-019, les AP ont un statut foncier particulier s’agissant de «terrains constitutifs des aires soumises à un régime juridique de protection spécifique». Toutefois, ce régime est toujours en cours d’établissement. Les AP visent la préservation de la biodiversité, du patrimoine naturel et culturel ainsi que l’utilisation durable des ressources naturelles (Code des Aires Protégées). Il existe 6 catégories d’aires protégées qui correspondent à des objectifs de gestion différents, et suivent le système de l’UICN: la Réserve Naturelle Intégrale (RNI), les Parc Nationaux (PN) et Parcs naturels (PNAT), la Réserve Spéciale (RS), le Monument Naturel Protégé (MONAT), le Paysage Harmonieux Protégé (PHP), la Réserve des Ressources Naturelles (RRN). Cette liste n’est pas limitative, d’autres catégories peuvent être créées par voie réglementaire. 

La promotion de l'écotourisme figure expressément parmi les objectifs de gestion des Parcs nationaux et Parcs naturels et elle est également mentionnée comme un des objectifs du Système des Aires Protégées de Madagascar.

Toutes les catégories d’aires protégées peuvent développer des activités d’écotourisme, sous réserve de respecter certaines contraintes comme l’analyse des impacts de ces activités sur les différentes zones de l’aire protégée.  Pour toutes les aires protégées, le COAP prévoit en effet la délimitation d’un noyau dur correspondant à « une zone sanctuaire […] constituée en périmètre de préservation intégrale » au sein duquel toute activité (entrée, circulation) est restreinte et réglementée et toute utilisation durable des ressources est interdite. Une zone tampon, qui couvre toutes les zones entre le noyau dur et la zone périphérique (appelée «zone de protection»), doit également être délimitée pour réglementer les activités humaines et assurer une meilleure protection du noyau dur. La zone tampon peut inclure différents types de zones, comme les Zones d’Occupation Contrôlée (ZOC), les Zones d’Utilisation Durable (ZUD) et les zones de services (ZS) notamment destinées aux aménagements touristiques (circuits écotouristiques, sites de camping, dispositifs pour la plongée, etc.). La délimitation de l’AP varie selon son statut: la protection peut en effet s’appliquer sur toute l’étendue de l’AP (par ex., l’article 39 du COAP interdit l’utilisation durable des ressources sur toute l’étendue de la RNI, du PN/PNAT, et de la RS) ou seulement sur une partie de l’AP, selon un zonage spécifique prévu dans le plan d’aménagement et de gestion (par ex., dans la zone tampon des PHP les prélèvements des ressources naturelles renouvelables sont organisés selon un système de zonage permettant l'exploitation par rotation). 

La réglementation relative aux aires protégées ne prévoit pas de statut spécial pour les opérateurs de l’écotourisme. Ils sont donc susceptibles de relever du Code du Tourisme, qui envisage les opérateurs touristiques de manière large et défini l’écotourisme comme « une forme de voyages, à destination des sites naturels, effectués par des personnes responsabilisées à la protection de la nature et au bien-être de la population locale » (décret n°2001-027). La loi prévoit deux licences différentes pour les voyagistes et pour les entreprises de prestations touristiques spécialisées.

Les communautés locales peuvent participer au développement de l’écotourisme au sein des aires protégées, et bénéficier des avantages qu’il génère. En vertu du principe de compensation des restrictions au droit de propriété / droit d'usage (Code des Aires Protégées), le promoteur de l’aire protégée doit prévoir des mesures de sauvegarde ou des activités alternatives génératrices de revenus pour les parties prenantes, définies dans un Plan de gestion environnementale et de sauvegarde sociale (PGESS). En vertu du principe de partage équitable des avantages (Code des Aires Protégées), les droits perçus notamment dans le cadre de l’écotourisme, comme les droits d'entrée ou de filmage, doivent faire l’objet d’une redistribution. Les modalités de perception de ces droits et leur redistribution ne sont toutefois pas encadrées par la réglementation. 

En vertu du Code du tourisme, tous les opérateurs touristiques doivent a minima déclarer leur existence auprès du Ministère en charge du Tourisme et souscrire une assurance en matière de responsabilité civile et professionnelle. S’ils sont agents de voyage ou s’ils exercent une activité d’hébergement et/ou de restauration, ils doivent en plus obtenir une licence (licence A, B ou C) ainsi qu’une autorisation d’ouverture. Les guides touristiques doivent être agréés par le Ministère en charge du Tourisme. 

Selon l’endroit où elles sont réalisées (aires protégées, domaine forestier national, etc.), les activités d’écotourisme sont également soumises à différents régimes définis par la réglementation sectorielle. 

Dans les aires protégées, le gestionnaire a la faculté de conclure des conventions avec toute personne physique ou morale afin d’organiser les activités touristiques au sein de l’aire protégée. Ces conventions doivent être approuvées par le Ministère en charge des aires protégées, ou conclues directement par ce dernier lorsqu’il s’agit de contrats à caractère international ou de grande importance. Les modalités relatives à la conclusion de ces conventions sont précisées par voie réglementaire (texte non adopté à ce jour). 

La réalisation de films ou photographies au sein des aires protégées nécessite une autorisation du Ministère en charge des aires protégées ainsi qu’un avis conforme du gestionnaire lorsque les prises de vue impliquent une préparation et un équipement excédant ceux des particuliers ou qu’elles sont effectuées hors des circuits écotouristiques autorisés. 

Par ailleurs, dans les aires protégées, le COAP impose la conclusion d’une convention de gestion communautaire déterminant les activités pouvant être exercées par les communautés locales et leur intervention dans la gestion de l’aire protégée, ce qui peut inclure des activités de conservation et d’écotourisme.  

La gestion des sites forestiers à vocation écotouristique appartenant au domaine forestier national peut en principe être déléguée par l’administration forestière à tout organisme public ou privé, par une concession de services d’une durée de 10 ans (décret n°2013-785). Chaque délégataire de site est tenu de payer des redevances forestières et de verser un pourcentage de ses recettes aux Fonds Forestiers National, Provincial et Régional. La procédure et les modalités de cette délégation sont déterminées par voie d’arrêté (texte non adopté à ce jour).

En outre, les communautés locales peuvent aussi gérer directement des activités d’écotourisme, à travers les mécanismes de délégation de gestion existant pour les aires protégées, les forêts et les ressources naturelles renouvelables, sous réserve d’être constituées sous forme d’une entité juridique (association, COBA, ou autre) et de respecter les conditions prévues par les réglementations en vigueur. Des transferts de gestion (TG) sous forme de «contrats de conservation» peuvent notamment être établis en faveur des COBA dans les zones forestières (décret n°2001-122 fixant les conditions de mise en œuvre de la gestion contractualisée des forêts de l’Etat) ainsi que des TG aux fins de valorisation touristique des ressources naturelles situées dans les aires protégées, pourvu que ce transfert concerne la zone tampon et contribue aux objectifs de gestion de l’aire protégée (COAP et son décret d’application). Dans le cadre de TG aboutissant à des Aires de Pêche gérées Localement (APGL), des «zones de conservation» peuvent être cogérées par les communautés de pêcheurs et des Organisations Non Gouvernementales (ONG), sous réserve de l’accord du Ministère en charge de la Pêche (arrêté n°29211/2017).

Les communautés locales peuvent également gérer directement les activités d’écotourisme dans le cadre du régime spécifique des aires protégées communautaires (COAP et son décret d’application). Ce régime reste cependant encore à établir par voie réglementaire. 

En matière de conservation de la faune sauvage et d’écotourisme, les principaux acteurs sont le Ministère en charge des aires protégées, c’est-à-dire le Ministère de l’Environnement et du Développement Durable (MEDD), et le Ministère en charge du Tourisme. 

Le MEDD est responsable de la création des aires protégées, de l’approbation des conventions sur les activités touristiques conclues par les gestionnaires des aires protégées et de la conclusion des contrats à caractère international ou de grande importance. Il est aussi responsable de l’élaboration des orientations et de la coordination générale du Système des Aires Protégées de Madagascar (SAPM), avec l'assistance de la Commission SAPM. 

Plusieurs organismes rattachés au MEDD sont également des acteurs importants pour les aires protégées. C’est le cas du Madagascar National Parks qui gère 43 aires protégées sur le territoire national ou de la Fondation pour les aires protégées et la biodiversité de Madagascar, qui regroupe l’État Malagasy, WWF et Conservation International et se charge d’assurer la pérennisation du financement des aires protégées. 

Le Ministère en charge du Tourisme, c’est-à-dire le Ministère des Transports, du Tourisme et de la Météorologie de Madagascar (MTTM), est l’autorité compétente pour délivrer les autorisations et licences aux professionnels exerçant dans le secteur, et notamment les agréments des guides touristiques. 

Le Ministère en charge de la Pêche, c’est-à-dire le Ministère de l'Agriculture, de l'Élevage et de la Pêche (MAEP), est responsable de la préservation et de l’utilisation durable des ressources et écosystèmes aquatiques, comprenant notamment la création de parcs et réserve de pêche aux fins de conserver les habitats critiques et les aires de reproduction. 

Les collectivités territoriales décentralisées peuvent initier et promouvoir la création d'une aire protégée, gérer ou faire partie de la structure de gestion de l'aire protégée, et s'impliquer dans les différentes comités mis en place dans le cadre de la création ou la gestion des aires protégées (listés ci-après, dans la section «coopération»). Il en est de même pour les autres acteurs locaux (communautés locales, associations, etc.). 

Le Code des aires protégées (COAP) liste les domaines de coopération obligatoire (création des aires protégées, signature des conventions portant sur les activités touristiques, etc.) et charge le Ministère en charge des Aires Protégées d’assurer la coordination de la contribution des autres Ministères intéressés ainsi que la participation des services déconcentrés. La participation des autres parties prenantes, notamment des communautés locales, se fait en principe sous la responsabilité du promoteur/gestionnaire de l’aire protégée.  

Il existe une certaine incohérence au niveau du partage des compétences relatives à la signature des conventions sur les activités touristiques dans les aires protégées : alors que le COAP prévoit seulement l’approbation du Ministère en charge des aires protégées, le décret d’application (décret n°2017-415) exige une approbation conjointe de ce dernier et du Ministère en charge du Tourisme. 

Plusieurs structures destinées à la coopération institutionnelle en matière de tourisme (Comités pour le développement du tourisme) et d’aires protégées sont mises en place au niveau national comme local. 

Pour les aires protégées, il s’agit notamment de la Commission du Système des Aires Protégées de Madagascar (ou Commission SAPM), qui est composée des ministères, organismes rattachés, promoteurs et gestionnaires des aires protégées ainsi que des partenaires techniques et financiers. L'implication des services déconcentrés et des collectivités territoriales n'est pas explicitement prévue mais la Commission SAPM peut faire appel à toute commission ou comité ad hoc existant, et requérir l’implication d’autres parties prenantes si besoin. 

Au niveau local, des comités sont prévus afin d’assurer un suivi concerté de la création et de la gestion des aires protégées : il s’agit du Comité d'Orientation et d'Évaluation (COE), qui est institué au niveau régional ou interrégional par l'arrêté de mise en protection temporaire de l’aire protégée) ainsi que du Comité d’Orientation et de Suivi (COS), qui est institué au niveau régional par le décret de création définitive de l'aire protégée. 

Le Ministère en charge des aires protégées peut déléguer la gestion d’une ou plusieurs aires protégées à des personnes morales de droit public ou privé, après consultation des ministères concernés, des collectivités territoriales décentralisées et des communautés locales. Il peut également autoriser et mandater le gestionnaire d’une aire protégée de conclure en son nom et pour son compte une convention portant sur les activités touristiques à caractère international ou de grande importance. 

Le Ministère en charge de la Pêche peut autoriser le gestionnaire d'une Aire de Pêche Gérée Localement (APGL) à instaurer une cogestion avec une Organisation Non Gouvernementale (ONG) pour les « zones de conservation » délimitées au sein de l'APGL (arrêté n°29211/2017).

Le Ministre en charge du Tourisme peut déléguer son pouvoir d’agrément des guides touristiques, mandater une structure associative regroupant les opérateurs touristiques et reconnue d’utilité publique pour la réalisation d'une mission de promotion du tourisme ou encore déléguer son pouvoir de formuler un avis préalable sur les permis de construire pour les constructions et aménagements à vocation touristique.