La loi n°2006-030 sur l'élevage donne une définition de l’animal comme correspondant à tout mammifère, reptile ou oiseau ainsi qu’aux abeilles et vers à soie. Cette énumération n’est pas exhaustive. Elle donne également une définition de l’animal aquatique comme tout animal vivant dans les eaux continentales, notamment les poissons. L’éleveur est défini comme tout propriétaire d'animaux ou toute personne ayant la garde des animaux dont l'exploitation est régie par la loi, et l’éleveur professionnel comme toute personne physique ou morale qui exploite des élevages d’animaux dont la production relève de l’organisation par filière prévue par la loi. 

La loi n°2006-030 prévoit la mise en place d'un système de traçabilité aux fins de contrôler l'origine des animaux, des produits d'origine animale/aquatique, et des aliments pour animaux, sans toutefois en préciser les modalités. 

Seuls les bovins font à ce jour l’objet d’un système d’identification, avec un registre de contrôle géré par les Fokontany et les communes (dénommé «Bokinomby»), une Fiche Individuelle de Bovin au niveau des communes et districts, et l’apposition d’une boucle d’oreille ou d’une puce électronique sur chaque bovin (décret n°2017-023). Le système de puces électroniques est géré au niveau national par l'Autorité de Gestion de l'identification Électronique et de Sécurisation des Bovins (décrets n°2018-1362 et n°2018-1363).

L'enregistrement des mouvements des animaux (y compris les naissances et décès) est prévu par la loi n°2006-030 mais uniquement pour les animaux reproducteurs et les animaux de race pure ou améliorée. Pour les bovins, tous les mouvements, y compris les décès, doivent être signalés au Chef de Fokontany afin d’être reportés au registre de contrôle (Bokinomby), et une Fiche Individuelle de Bovin est établie à la naissance de chaque animal (décret n°2017-023). 

La création d’une base de données pour faciliter l'identification et la traçabilité des animaux n'est pas prévue par la loi n°2006-030, mais uniquement par le décret n°2017-023 concernant les bovins, sur la base du système de puces électroniques (décrets n°2018-1362 et n°2018-1363).

La loi n°2006-030 exige une autorisation de l'administration zootechnique ainsi que l’adoption d’un plan d’aménagement pour les installations d’élevage qui répondent à certaines normes fixées par voie réglementaire. Aucun texte ne détermine toutefois à ce jour quelles sont les installations soumises à cette obligation. Le Manuel de procédures en élevage distingue les élevages familiaux et les unités de production de moyenne et grande échelle, qui comprennent notamment les exploitations d’élevage, les couvoirs, et les ranchs. Pour chacune de ces catégories, le Manuel précise les autorisations nécessaires et la procédure à suivre pour les obtenir. 

Pour les établissements d'amélioration génétique (centre d’insémination artificielle, etc.), une autorisation d’ouverture et d’exploitation est nécessaire (loi n°2006-030). Elle est accordée par arrêté du Ministre de l’Élevage, après avis de l’administration zootechnique. Le décret n°2010-106 donne une liste des établissements d'amélioration génétique et précise qu'ils doivent également recevoir un agrément zootechnique et vétérinaire. Un arrêté du Ministre de l’Élevage fixe les conditions d'ouverture et d'exploitation de ces établissements ainsi que les modalités d'octroi et de retrait de l'agrément (non adopté à ce jour).

La délivrance des autorisations et agréments aux installations d'élevage et aux établissements d'amélioration génétique est payante (arrêté n°11774/2012).

Pour l’élevage des abeilles et l’installation de ruches, il est nécessaire d’obtenir une autorisation du maire de la commune conformément au décret n°2004-1135. La délivrance de cette autorisation n’est pas soumise au paiement de droits.

Pour les marchés contrôlés des bestiaux, qui sont gérés par les communes et sur lesquels les échanges de bovins doivent obligatoirement se faire, l’ouverture relève de la compétence exclusive du Représentant de l’État au niveau de la Province (décret n°2017-023), selon des modalités fixées par un arrêté interministériel (non adopté à ce jour).

Les exploitations aquacoles doivent obtenir un agrément zoosanitaire (décret n°2018-479), selon des modalités fixées par voie réglementaire (texte non adopté à ce jour).

Le recensement des établissements d’élevage n'est pas prévu par la loi n°2006-030. Il l'est en revanche pour les établissements d’élevage des abeilles (décret n° 2004-1135) et les exploitations aquacoles (décret n°2018-479).

La loi n°2006-030 prévoit un système de traçabilité des animaux, sans déterminer précisément quelles sont les espèces concernées.

À ce jour, il existe uniquement un système d'identification pour les bovins, dont les modalités sont fixées par le décret n°2017-023. Tous les bovins doivent être équipés d’une boucle sur l'oreille gauche, posée dans les 60 jours suivant la naissance de l'animal, lors de la première vaccination anti-charbonneuse du bovin, par le vétérinaire sanitaire, sur le lieu de déclaration du bovin. Le bouclage des bovins dans les marchés à bestiaux est expressément interdit. Cette méthode d’identification a vocation à être progressivement remplacée par la pose de puces électroniques, selon les modalités prévues par le décret n°2018-1362.

La loi n°2006-030 prévoit des exigences spécifiques en termes d’identification pour les animaux reproducteurs, dont les modalités sont fixées par voie réglementaire. Ils doivent notamment être identifiés par une boucle spéciale (décret n°2010-106) dont les détails sont fixés par arrêté du Ministre chargé de l’Élevage (non adopté à ce jour).

La loi n°2006-030 sur l’élevage ne prévoit pas l’enregistrement des mouvements des animaux, sauf pour les animaux reproducteurs et les animaux de race pure ou améliorée. Une telle obligation existe également pour les espèces aquatiques et les bovins.

Le décret n°2018-479 exige que les responsables des exploitations aquacoles tiennent un registre indiquant notamment les mouvements d'entrée et de sortie des espèces aquatiques à l'intérieur et hors de l’exploitation.

Le décret n°2017-023 exige que les mouvements des bovins soient inscrits au registre de contrôle (Bokinomby) ainsi que sur la Fiche Individuelle de chaque bovin. Il incombe aux propriétaires des bovins de mettre à jour leur exemplaire du registre de contrôle et d’informer, par écrit, dans un délai de 7 jours, les autorités locales (Fokontany), afin qu'elles puissent également mettre à jour leur propre exemplaire/copie du registre de contrôle (Bokinomby) et transmettre l’information aux autres administrations disposant également d’une copie (Chef d’Arrondissement administratif et Gendarmerie nationale).

La loi n°2006-030 permet aux agents du Ministère de l'Élevage d’exercer des contrôles systématiques pour s'assurer du respect des normes d'hygiène et techniques prescrites par la loi et la réglementation en vigueur. Ils peuvent avoir accès librement accès aux établissements, et prendre des mesures administratives. Elle permet également aux docteurs vétérinaires et zootechniciens assurant les missions de contrôle et d'inspection en matière de production animale d’avoir la qualité d’Officiers de Police Judiciaire (OPJ) de l’Élevage, leur permettant de constater directement les infractions. Les pouvoirs des OPJ d’Élevage sont définis par le décret n°2012-829. Ils sont notamment habilités à contrôler la traçabilité des animaux, et à procéder à la mise en fourrière des animaux.

Pour les marchés de bestiaux, le contrôle incombe directement à la commune chargée de sa gestion, avec l’assistance des vétérinaires sanitaires (décret n°2017-023). Les agents de la commune peuvent notamment refuser l’accès des bovins qui ne portent pas de boucles réglementaires, ou faire appel à l’autorité de contrôle pour mettre en fourrière les animaux d’une provenance douteuse.

Des sanctions administratives (suspension/retrait des autorisations ou agréments; fermeture des établissements) sont prévues par la loi n°2006-030 en cas de non-respect des normes ainsi que des sanctions pénales (amende et peine de prison) en cas de non-respect des exigences relatives au système de traçabilité.

L'alimentation des animaux relève de la compétence de l’administration zootechnique en vertu de la loi n°2006-030 sur l’élevage. Elle est également régie par les dispositions de la loi n°2017-048 qui fixe les principes applicables en matière de sécurité sanitaire des aliments, y compris les aliments pour animaux. Cette dernière définit les responsabilités des exploitants du secteur de l'alimentation animale ainsi que les autorités et services officiels compétents pour assurer la gestion des risques. Pour l’alimentation animale et aquatique, il s'agit notamment de la Direction des Services Vétérinaires du Ministère de l’Élevage et de l’Autorité Sanitaire Halieutique du Ministère de la Pêche et des Ressources Halieutiques. 

Des définitions de l'aliment, l'aliment pour animaux, l'additif, l’aliment médicamenteux, l'exploitant du secteur de l'alimentation animale, et l’entreprise du secteur de l’alimentation animale sont données par la loi n°2006-030 et la loi n°2017-048.

La loi n°2006-030 sur l'élevage prévoit que les conditions de fabrication et de composition des aliments destinés aux animaux sont définies par voie réglementaire. Ces conditions sont actuellement régies par des textes antérieurs à la loi, comme le décret n°92-284, le décret n°64-024 et le décret n°64-050.  Pour chaque classe d’aliments pour animaux (aliments simples, aliments composés, aliments mélassés, compléments minéraux), le décret n°64-024 fixe les conditions de fabrication. Il détermine notamment les limites maximales à respecter pour certaines substances et additifs, comme les vitamines et les substances antibiotiques. Il interdit l’incorporation de certains produits dans les aliments pour animaux et fixe des seuils (humidité, matières cellulosiques, matières minérales, insoluble chlorhydrique) au-delà desquels les aliments composés sont considérés comme impropres à la vente. Il interdit l'utilisation des aliments additionnés de substances arsenicales, antimoniales ou œstrogènes.

Lorsque les aliments pour animaux s'avèrent dangereux pour la santé humaine ou animale, les autorités compétentes peuvent prendre des mesures appropriées, y compris le retrait du marché (loi n°2017-048).

La loi n°2017-048 fixe les grands principes à respecter en matière d’emballage des aliments y compris les aliments destinés aux animaux. Pour chaque classe d’aliments pour animaux, le décret n°60-024 détermine les mentions devant obligatoirement figurer sur les emballages. Il s’agit notamment de l’indication des animaux auxquels les aliments sont destinés, d’informations sur la fabrication (date, nom du fabricant, marque commerciale), de la composition des aliments, ainsi que de la nature et du pourcentage des substances antibiotiques. Pour les aliments composés, un mode d'emploi rédigé en français et en malgache est requis.

Tous les établissements de préparation, de fabrication, de stockage, distribution et vente d'aliments ou d'intrants destinés aux animaux doivent obtenir un agrément de l'administration zootechnique (loi n°2006-030 sur l’élevage). Les activités d'importation/exportation ne sont pas expressément visées par ces dispositions.

Pour les activités en amont de préparation et fabrication des aliments pour animaux, la loi n°2006-030 exige en plus que les établissements possèdent une autorisation d'ouverture et d'exploitation délivrée par arrêté du Ministre de l'Élevage, et que la fabrication soit faite sous la responsabilité d'un zootechnicien. Une exception est prévue pour le personnel qualifié en matière de production animale: il peut être autorisé à ouvrir un établissement de fabrication d’aliments composés pour animaux, selon des conditions spécifiques fixées par voie réglementaire (texte non adopté à ce jour).

Les aliments médicamenteux sont inclus dans la pharmacie vétérinaire et ne peuvent être préparés qu'à partir de pré-mélanges médicamenteux ayant reçu l'Autorisation de Mise sur le Marché (loi n°2006-030). Le décret n°92-284 assimile expressément les aliments médicamenteux aux médicaments vétérinaires, ce qui n’est pas le cas de la loi n°2006-030. Il en résulte une certaine incertitude sur le régime applicable aux établissements de fabrication, distribution en gros et vente au détail des aliments médicamenteux. 

Tous les établissements de préparation, de fabrication, de stockage, distribution et vente d'aliments ou d'intrants destinés aux animaux doivent obtenir un agrément de l'administration zootechnique (loi n°2006-030 sur l’élevage). Les activités d'importation/exportation ne sont pas expressément visées par ces dispositions.

Pour les activités en amont de préparation et fabrication des aliments pour animaux, la loi n°2006-030 exige en plus que les établissements possèdent une autorisation d'ouverture et d'exploitation délivrée par arrêté du Ministre de l'Élevage, et que la fabrication soit faite sous la responsabilité d'un zootechnicien. Une exception est prévue pour le personnel qualifié en matière de production animale: il peut être autorisé à ouvrir un établissement de fabrication d’aliments composés pour animaux, selon des conditions spécifiques fixées par voie réglementaire (texte non adopté à ce jour).

Les aliments médicamenteux sont inclus dans la pharmacie vétérinaire et ne peuvent être préparés qu'à partir de pré-mélanges médicamenteux ayant reçu l'Autorisation de Mise sur le Marché (loi n°2006-030). Le décret n°92-284 assimile expressément les aliments médicamenteux aux médicaments vétérinaires, ce qui n’est pas le cas de la loi n°2006-030. Il en résulte une certaine incertitude sur le régime applicable aux établissements de fabrication, distribution en gros et vente au détail des aliments médicamenteux. 

Tous les établissements de préparation, de fabrication, de stockage, distribution et vente d'aliments ou d'intrants destinés aux animaux doivent obtenir un agrément de l'administration zootechnique (loi n°2006-030 sur l’élevage). Les activités d'importation/exportation ne sont pas expressément visées par ces dispositions.

Pour les activités en amont de préparation et fabrication des aliments pour animaux, la loi n°2006-030 exige en plus que les établissements possèdent une autorisation d'ouverture et d'exploitation délivrée par arrêté du Ministre de l'Élevage, et que la fabrication soit faite sous la responsabilité d'un zootechnicien. Une exception est prévue pour le personnel qualifié en matière de production animale: il peut être autorisé à ouvrir un établissement de fabrication d’aliments composés pour animaux, selon des conditions spécifiques fixées par voie réglementaire (texte non adopté à ce jour).

Les aliments médicamenteux sont inclus dans la pharmacie vétérinaire et ne peuvent être préparés qu'à partir de pré-mélanges médicamenteux ayant reçu l'Autorisation de Mise sur le Marché (loi n°2006-030). Le décret n°92-284 assimile expressément les aliments médicamenteux aux médicaments vétérinaires, ce qui n’est pas le cas de la loi n°2006-030. Il en résulte une certaine incertitude sur le régime applicable aux établissements de fabrication, distribution en gros et vente au détail des aliments médicamenteux. 

Tous les établissements de préparation, de fabrication, de stockage, distribution et vente d'aliments ou d'intrants destinés aux animaux doivent obtenir un agrément de l'administration zootechnique (loi n°2006-030 sur l’élevage). Les activités d'importation/exportation ne sont pas expressément visées par ces dispositions.

Pour les activités en amont de préparation et fabrication des aliments pour animaux, la loi n°2006-030 exige en plus que les établissements possèdent une autorisation d'ouverture et d'exploitation délivrée par arrêté du Ministre de l'Élevage, et que la fabrication soit faite sous la responsabilité d'un zootechnicien. Une exception est prévue pour le personnel qualifié en matière de production animale: il peut être autorisé à ouvrir un établissement de fabrication d’aliments composés pour animaux, selon des conditions spécifiques fixées par voie réglementaire (texte non adopté à ce jour).

Les aliments médicamenteux sont inclus dans la pharmacie vétérinaire et ne peuvent être préparés qu'à partir de pré-mélanges médicamenteux ayant reçu l'Autorisation de Mise sur le Marché (loi n°2006-030). Le décret n°92-284 assimile expressément les aliments médicamenteux aux médicaments vétérinaires, ce qui n’est pas le cas de la loi n°2006-030. Il en résulte une certaine incertitude sur le régime applicable aux établissements de fabrication, distribution en gros et vente au détail des aliments médicamenteux.

Le décret n°2018-594 exige des exploitants du secteur de l'alimentation animale qu'ils mettent en place un système d’autocontrôle et des procédures fondées sur les principes HACCP, bien que la loi n°2017-048 ne l’exige pas expressément pour ce type d’opérateurs (l’obligation prévue concerne uniquement les exploitants du secteur de l’alimentation).

Les exploitants du secteur de l'alimentation animale doivent mettre en place des systèmes et procédures leur permettant d’identifier leurs fournisseurs et les personnes auprès desquelles leurs produits sont livrés (loi n°2017-048, décret n°2018-594). Ces informations doivent être conservées et mises à la disposition des autorités compétentes, mais la durée de conservation des données n’est pas précisée. Des exigences de traçabilité spécifiques sont également prévues pour les produits de la pêche destinés à l’exportation (arrêté n°2910/2007).

En matière de retrait/rappel des aliments pour animaux, la loi n°2017-048 ne définit pas de procédures spécifiques, elle procède uniquement par renvoi aux procédures de retrait/rappel des denrées alimentaires dont la responsabilité incombe aux exploitants du secteur de l’alimentation. Ce faisant, elle ne vise toutefois pas tous les articles, si bien que les exploitants du secteur de l’alimentation animale ne sont soumis qu’à certaines obligations, comme d’informer les distributeurs et les consommateurs sur les causes du retrait/rappel et de prendre les mesures nécessaires pour obtenir le retour des denrées déjà fournies. En revanche, ils ne sont pas expressément soumis à l’obligation qui incombe aux exploitants du secteur de l’alimentation de prendre les mesures de suspension, rappel ou retrait des denrées alimentaires présentant un danger, et de collaborer avec les autorités compétentes. Cela crée une certaine incohérence pour le régime applicable aux exploitants du secteur de l’alimentation animale.

La loi n°2017-048 fixe des exigences sur le transport et le stockage des denrées alimentaires qui s'appliquent également aux aliments pour animaux, notamment l’obligation de ne pas entreposer les aliments pour animaux avec des produits non alimentaires. Les exploitants du secteur de l’alimentation animale doivent veiller à ce que les aliments pour animaux soient protégés contre toute contamination, et appliquer les bonnes pratiques d’hygiène pour les locaux et équipements utilisés pour le stockage (décret n°2018-594).

La loi n°2017-048 fixe les grands principes relatifs à l’étiquetage des aliments y compris les aliments pour animaux. Les étiquettes ne doivent pas induire le consommateur en erreur, elles doivent permettre la traçabilité, fournir les informations dans les langues fixées par voie réglementaire et respecter les règles d'étiquetage et de conditionnement fixées par voie réglementaire. Ces règles sont pour l’instant celles fixées par le décret n°60-024. Pour chaque classe d’aliments pour animaux (aliments simples, aliments composés, aliments mélassés, compléments minéraux), le décret n°60-24 définit les mentions devant obligatoirement figurer sur les emballages. Il s’agit notamment de l’indication des animaux auxquels les aliments sont destinés, des informations sur la fabrication (date, nom du fabricant, marque commerciale), de la composition des aliments, ainsi que de la nature et du pourcentage des substances antibiotiques. Pour les aliments composés, un mode d'emploi rédigé en français et en malgache est requis.

L'importation des aliments pour animaux est soumise à l'obtention d'une autorisation d'importation délivrée par la Direction des Services Vétérinaires du Ministère de l’Élevage (loi n°2006-030, décret n°2004-041, loi n°2017-048) ou, lorsqu’il s’agit d’aliments destinés aux espèces aquatiques, par l’Autorité Sanitaire Halieutique du Ministère de la Pêche (Code de la Pêche, décret n°2018-479, loi n°2017-048).

Les aliments pour animaux importés doivent être accompagnés d’un certificat attestant de leur origine et sécurité sanitaire, délivré par les autorités compétentes du pays exportateur (loi n°2017-048, décret n°2004-041). Une inspection des aliments pour animaux importés est réalisée aux points d’entrée du territoire, sous l’autorité du responsable des contrôles vétérinaires du poste d’inspection frontalier (loi n°2006-030, décret n°2004-041, arrêté n°7543/2005). Cela comprend la vérification des documents (autorisation d'importation, certificats), le contrôle du conditionnement (conservation, emballage) ainsi que la réalisation d’un contrôle qualité, qui peut notamment impliquer des prélèvements pour des analyses en laboratoires (arrêté n°2840/2001, Manuel de procédures en élevage). De telles analyses sont expressément exigées pour l’importation de certains aliments destinés aux crustacés (arrêté n°7006/2013) ou pour les farines issues des produits de la pêche, qui sont les seules farines animales dont l’importation est autorisée (décret n°2000-975).

Les aliments pour animaux qui ne sont pas conformes aux normes sanitaires ou qui ne sont pas accompagnés des autorisations et certificats requis peuvent être refoulés, saisis ou détruits (loi n°2006-030, décret n°2004-041, arrêté n°2840/2001, loi n°2017-048). Les frais occasionnés sont à la charge des importateurs. 

L’exportation des aliments pour animaux est soumise à l’obtention d’une autorisation préalable de la Direction des Services Vétérinaires du Ministère en charge de l'Elevage (loi n°2006-030, loi n°2017-048, décret n°2018-594). Le décret n°2004-041 ne prévoit toutefois pas une telle autorisation d’exportation, il exige uniquement un certificat d’origine et un certificat sanitaire délivrés par le vétérinaire officiel du lieu d'origine. Ces documents doivent être vérifiés et visés par le responsable des contrôles vétérinaires du poste d’inspection frontalier (décret n°2004-041, Manuel de procédures en élevage).

Les exploitants du secteur de l'alimentation animale qui exportent leurs produits sont tenus de fournir les informations sur les aliments pour animaux à exporter à l’autorité vétérinaire compétente, qui doit notamment s’assurer du respect des exigences sanitaires des pays importateurs (décret n°2018-591 et décret n°2018-594).

La loi n°2017-048 donne une liste des services officiels des différents Ministères impliqués dans la sécurité sanitaire des aliments, y compris les aliments pour animaux. Elle définit leurs principaux domaines d’intervention ainsi que le statut des inspecteurs (Officier de Police Judiciaire), tout en renvoyant à des textes réglementaires la fixation de leurs missions exactes.

Pour les aliments pour animaux, les services officiels compétents sont ceux de la Direction des Services Vétérinaires du Ministère de l’Élevage. Les missions et les pouvoirs des inspecteurs du Ministère de l’Élevage sont définis par la loi n°2006-030 sur l’élevage ainsi que par le décret n°2012-829, qui détermine quels sont les différentes catégories d’agents qui peuvent avoir la qualité d'Officiers de Police Judiciaire (OPJ) d’Élevage, et leurs missions. Pour les aliments destinés aux espèces aquatiques, les services officiels compétents sont ceux du Ministère des Ressources Halieutiques et de la Pêche, et notamment de l’Autorité Sanitaire Halieutique (décret n°2005-375).

La loi n°2006-030 sur l’élevage exige que tout animal soit placé par son propriétaire, son détenteur ou toute personne en ayant la garde, dans des conditions compatibles avec les impératifs biologiques de son espèce. Elle interdit les sévices graves et les actes de cruauté ou violence sur les animaux ainsi que le transport d'un animal blessé ou d'une femelle sur le point de mettre bas.

En matière de bien-être des animaux, les autorités compétentes sont l'administration zootechnique, qui est chargée de réglementer l'élevage et la reproduction des animaux (loi n°2006-030), ainsi que les autorités compétentes pour la gestion des risques sanitaires relatifs aux denrées alimentaires et aliments pour animaux (loi n°2017-048). Celles-ci sont en effet chargées de s’assurer que les exploitants du secteur de l’alimentation et ceux du secteur de l’alimentation animale respectent les règles du bien-être animal. 

Des sanctions pénales sont prévues par la loi n°2006-030 sur l’élevage en cas de sévices commis sur les animaux ou de transport des animaux blessés ou sur le point de mettre bas. Le Code des Aires Protégées prévoit également des sanctions pénales en cas de dérangement et perturbation des animaux sauvages.

La loi n°2006-030 sur l’élevage exige que tout animal soit placé par son propriétaire, son détenteur ou toute personne en ayant la garde, dans des conditions compatibles avec les impératifs biologiques de son espèce.

Elle soumet l'implantation des installations d'élevage au respect des normes spécifiques d'exploitation de chaque filière, des normes en matière d'environnement et des normes relatives aux établissements dits salubres. Les normes spécifiques d'exploitation de chaque filière ne sont pas définies par un texte réglementaire. Selon le Manuel de procédures en élevage, des visites de terrain sont effectuées pour vérifier les installations dans le cadre de la délivrance de l'autorisation d'implantation comme de l’autorisation d'exploitation.

La loi n°2006-030 sur l’élevage interdit le transport d'un animal blessé ou d'une femelle sur le point de mettre bas, et précise que le transport des animaux vivants doit être conforme aux normes fixées par voie réglementaire. Le transport de spécimens vivants d’espèces inscrites aux annexes de la CITES doit être effectué de manière à minimiser les risques de blessures, de maladies ou de traitement rigoureux (loi CITES).

En dehors de ces dispositions, il n’existe pas de réglementations sur le transport des animaux vivants, sauf en ce qui concerne les bovins. Le décret n°2017-023 réglemente les déplacements de troupeaux sans but de commercialisation, et oblige notamment les convoyeurs à signaler leurs emplacements aux autorités du Fokontany, et à respecter certains itinéraires et horaires. Il règlemente également le transport des bovins faisant l’objet d'une transaction sur le marché contrôlé. Le Manuel de procédures en élevage donne des précisions sur les démarches et étapes à respecter pour le transport et déplacement des bovins.

Pour les produits de l’aquaculture, le transport est soumis à l’obtention d’une autorisation et d’un certificat sanitaire délivrés par le Ministère de la Pêche et de l’Aquaculture (Code de la Pêche et de l’Aquaculture, décret °2016-1493). L’arrêté n°3924/2018 exige l'obtention d'un permis de collecte (intermédiaires) ou d'une autorisation de transport (aquaculteurs assurant directement le transport de leurs produits).

L'arrêté n°7703/97 détermine les règles sur l'abattage des animaux de boucherie. Il fait état de l'étourdissement des animaux, ainsi que de possibles méthodes rituelles ou religieuses (soufflage, etc.). Le Halal Office of Control and Certification Madagascar (HOCCM) est l'autorité compétente pour délivrer la certification «halal» aux abattoirs pratiquant l'abattage rituel (arrêté n°5203/2016). Il s'agit toutefois uniquement d'une démarche volontaire, il n'est pas obligatoire d'obtenir la certification.

Le cadre juridique ne définit pas de formation minimale pour le personnel qui manipule les animaux. Dans les abattoirs, la mise en place d'un programme de formation du personnel est obligatoire, mais concernant les règles d'hygiène (arrêté n°3209/94). 

Le Code de la Pêche et de l’Aquaculture définit trois types d'aquaculture - subsistance, commerciale, scientifique - et réglemente leur exercice dans les eaux du domaine public et privé continental. Pour l’aquaculture scientifique, il exige une autorisation spéciale du Ministère de l'Aquaculture ainsi qu'une convention entre le Ministère et les institutions de recherche pour régler le partage de résultats. Pour l’aquaculture commerciale, il exige une autorisation du Ministre de l'Aquaculture, délivrée après avis favorable des autorités locales et sur présentation d’un bail emphytéotique du Ministère des domaines et d’un permis environnemental. Pour l’aquaculture de subsistance, seule une déclaration des activités auprès du Ministère de l’Aquaculture est nécessaire, l’autorisation n’est requise qu'en cas d'extension de l'activité.

L’aquaculture commerciale se déroule uniquement dans les sites naturels ou aménagés reconnus favorables pour l’espèce concernée par le Ministère de l’Aquaculture (Code de la Pêche et de l’Aquaculture). Ce dernier est chargé d'élaborer (ou faire élaborer) des schémas d'aménagement de l'aquaculture ainsi que des plans d'aménagement des activités aquacoles, en collaboration avec les parties prenantes (décret n°2016-1493).

Les conditions d’exercice de l’aquaculture commerciale sont précisées par plusieurs textes réglementaires, et notamment par l’arrêté n°3925/2018 qui régit les installations de pisciculture en cages dans les eaux relevant du domaine public de l’État (fleuves, rivières, canaux, lacs, barrages). Il précise les démarches à effectuer pour obtenir une autorisation du Ministère de la Pêche et de l’Aquaculture. Il indique tout d'abord que la demande d'autorisation doit être préalablement visée par les collectivités territoriales décentralisées (Région, District, Commune et Fokontany) et la Direction Régionale en charge de l’Aquaculture de la zone concernée. Il prévoit ensuite qu'elle doit être accompagnée d’une convention avec les autres usagers de l’eau et d’une autorisation environnementale délivrée par l’autorité compétente.

Des conditions spécifiques sont également prévues par des textes portant sur certains types d’espèces, comme les arrêtés relatifs aux établissements d'aquaculture de crabes de mangrove (arrêté n°2014/32099, arrêté n°2017/27786).

En plus de l’autorisation du Ministère de la Pêche et de l’Aquaculture, le décret n°2018-479 exige l’obtention par chaque exploitation aquacole d’un agrément zoosanitaire, dont les modalités sont fixées par voie réglementaire (texte non adopté à ce jour). Les exploitations aquacoles qui n'ont pas l'intention de mettre les espèces aquatiques sur le marché ne sont pas soumises à cette exigence.

La mise en œuvre d’études d’impact environnemental (EIE) pour l’exploitation aquacole est prescrite à la fois par le Code de l'Eau, le Code la Pêche et de l’Aquaculture et la Charte de l’Environnement. L'articulation entre les obligations du Code de la Pêche et de l'Aquaculture et le décret MECIE n'est pas clairement établie par les textes. 

L’arrêté n°3925/2018 sur les installations de pisciculture en cages dans les eaux relevant du domaine public de l'État précise qu’une EIE doit être menée pour les grandes exploitations (i.e. les exploitants aquacoles d'un volume supérieur à 500m³), alors qu’un Programme d'Engagement Environnemental (PEE) est entrepris pour les petites exploitations (i.e. les exploitations aquacoles d'un volume inférieur à 500m³.

Le Code de la pêche et de l’Aquaculture prévoit la possibilité de limiter ou suspendre dans le temps et dans l'espace l'exercice de l'aquaculture en cas de risque avéré sur l'environnement ou sur la santé publique. Il prévoit également des sanctions administratives et pénales en cas d’exploitation sans permis ou autorisation environnementale.

Le principal acteur en matière de production animale est le Ministère de l'Élevage, et notamment la Direction Générale de l'Élevage (DGE), qui comprend la Direction des Services Vétérinaires (DSV), la Direction d’Appui à la Production Animale (DAPA) et la Direction d’Appui et de Valorisation des Produits d’Élevage (DAVPE). Pour l'aquaculture, c'est la Direction Générale de la Pêche et de l’Aquaculture (DGPA) qui est compétence, et notamment la Direction de l’Appui au Développement de l’Aquaculture.

Au niveau local, le Ministère de l’Élevage est représenté par les Directions Régionales de l’Agriculture, de l’Élevage et de la Pêche (DRAEP), qui sont chargées de la mise en œuvre de la politique du Ministère au niveau régional, en collaboration avec les Régions. Chaque DRAEP dispose d’un Service Régional de l’Élevage (SRE) et d’un Service Régional de la Pêche et Aquaculture (SRPA). Des Circonscriptions de l’Agriculture, de l’Élevage et de la Pêche (CIRAEP) sont également mises en place au niveau des chefs-lieux de districts, aux fins d’assurer la mise en œuvre des activités du Ministère au niveau local. Elles sont notamment chargées de la coordination du travail avec les Techniciens Conseillers Agricoles au niveau des communes rurales et de l'encadrement et l'appui technique des organisations professionnelles et des producteurs. Elles disposent d’un Responsable Agriculture et Élevage, et d’un Responsable Pêche et Aquaculture.